Con esta investigación se pretende determinar si es más adecuado considerar la segregación escolar por nivel socioeconómico de las familias o por nivel de estudios de los padres, en términos de cuál alcanza valores más altos y cuál tiene una mayor relación con el rendimiento estudiantil. Para ello, se realiza una explotación especial de la base de datos de la prueba de evaluación colombiana SABER 2016, de carácter censal. Se analizan 646.413 estudiantes de 5º grado escolarizados en 14.630 escuelas de Colombia. En primer lugar, se estima el Índice de Segregación de Gorard y el Índice de Raíz Cuadrada de Hutchens para nueve grupos según el nivel de estudios de los padres y otros, con tamaño equivalente, según la segregación por nivel socioeconómico. En segundo término, se estiman modelos multinivel de dos niveles (escuela y estudiantes). Los resultados muestran, por un lado, que para todos los grupos minoritarios y en ambos índices, la segregación escolar por nivel socioeconómico es mayor que segregación por estudios de los padres. Y, por otro, que, aunque ambas consideraciones de segregación afectan al rendimiento, la segregación por nivel socioeconómico muestra una relación mayor. De esta forma se concluye que, tal y como se venía haciendo, es correcto estimar la segregación por nivel socioeconómico, más que por nivel de estudios de los padres.