Esta investigación se plantea con un doble objetivo: busca, por un lado, determinar la incidencia de la segregación escolar sobre el rendimiento en matemática y en lectura de los estudiantes de Educación Primaria de Uruguay; y, por otro, determinar la incidencia de la segregación controlando el efecto de los pares. Para ello, se realiza una explotación de los microdatos de Aristas 2017 con Modelos Multinivel, estimando la relación entre el rendimiento en matemática y en lectura para tercero y sexto de educación primaria, con cuatro caracterizaciones de segregación escolar. Los resultados confirman que la segregación escolar por nivel socioeconómico incide de forma clara en el rendimiento académico de los estudiantes uruguayos de educación primaria. Sin embargo, controlando el efecto pares, los datos más complejos apuntan a que solo la segregación escolar de los estudiantes de mayor nivel socioeconómico incide en el rendimiento y lo hace de forma negativa. De esta forma se concluye que la segregación afecta negativamente a todos los estudiantes, con lo que urge tomar medidas claras de lucha contra la segregación.