Pese a los demostrados efectos que tiene la segregación escolar en la equidad educativa, la cohesión social y la conformación de sociedades más justas, poco o nada conocemos sobre la magnitud de la segregación del alumnado con necesidades educativas especiales (NEE). El objetivo de esta investigación es determinar la evolución de la segregación escolar del alumnado con NEE de Educación Primaria y de Secundaria Obligatoria en los centros ordinarios, así como conocer los cambios en la aportación de los centros a la segregación. Para ello se usan datos censales del alumnado matriculado en los centros ordinarios de un gran municipio al sur de la Comunidad de Madrid. El periodo estudiado comprende desde el curso escolar 2001/02 al 2020/21. Para estimar la segregación se usan el índice de segregación de Gorard y el índice de Hutchens. Los resultados muestran que la segregación escolar del alumnado con NEE ha disminuido durante estos cursos escolares. No obstante, también ha sufrido un estancamiento en los últimos años que hace que el número de alumnos afectados por esta forma de opresión sea cada vez mayor. Además, los centros más segregadores han sido –y son– centros de titularidad privada; los más segregados, públicos.