Con esta investigación se pretende profundizar en la relación entre la desigualdad socioespacial y la segregación escolar centrándonos en Lima Metropolitana. Para ello se busca, en primer lugar, estimar la segregación escolar en el nivel de primaria en cada distrito y su relación con su nivel económico, así como la aportación diferencial de las escuelas estatales y privadas y, en segundo término, describir la variación de la segregación escolar según la distribución socioespacial de tres distritos prototípicos. Para ello se realiza una explotación especial de los datos de la Evaluación Censal de Estudiantes (ECE) del 2018 del Ministerio de Educación y se utilizan el índice de Raíz Cuadrada de Hutchens. Se analizan datos de 113.233 estudiantes de 4º grado de Educación Primaria, distribuidos en 3.859 escuelas situadas en 41 distritos de Lima Metropolitana. Se encontró una fuerte relación entre la segregación socioespacial y la segregación escolar, espacialmente la segregación de los estudiantes más vulnerables, así como el importante peso de la educación privada en esta relación. Pero, también, que la desigualdad socioespacial no determina la segregación, hay distritos que tiene una segregación baja independientemente de sus características socioeconómicas. Todo ello lleva a concluir la necesidad de implementar medidas de política educativa publica de lucha valiente contra la segregación, que combinen marcos regulatorios comunes con intervenciones diferenciadas en distintos territorios en función de sus características. Una de esas medidas debe afectar a la educación privada en diferentes ámbitos.