El objetivo de este estudio es estimar la magnitud de la segregación escolar en Colombia y sus departamentos, tanto en educación primaria como en secundaria inferior. Para ello, se hace una explotación especial de los datos de las pruebas censales Saber de 2016 para estudiantes de 5º y 9º grado. La muestra está conformada por 1138885 estudiantes, matriculados en 24401 escuelas. Los resultados indican que la magnitud de la segregación escolar es alta, tanto para primaria como para secundaria, con tendencia a una mayor segregación en los grupos de más nivel socioeconómico, así como diferencias significativas entre los departamentos.